華南所辦公場地分東區和西區，東區位于廣州市黃埔區瑞和路18號，西區位于廣州市天河區員村西街7號大院。東區占地面積3.3公頃，建有綜合實驗樓、專家公寓、多媒體學術報告廳、多功能會議室及檔案室等，辦公和科研實驗面積約18000平方米；西區占地1.8公頃，建有科研辦公樓、綜合實驗樓及圖書檔案室，辦公和試驗面積約8000平方米。

　　華南所擁有4個省部級重點實驗室，分別為國家環境保護水環境模擬與污染控制重點實驗室、國家環境保護環境污染健康風險評價重點實驗室、國家環境保護城市生態環境模擬與保護重點實驗室及廣東省水與大氣污染防治重點實驗室；1個工程實驗室為廣東省大氣污染控制工程實驗室；4個工程中心分別為廣東省農田重金屬污染土壤治理與修復工程技術研究中心、廣東省水環境應急工程技術研究中心、廣東省畜禽養殖污染系統控制工程技術研究中心及廣東省垃圾焚燒技術與裝備工程實驗室；5個區域科技創新平臺，包括國家環境二惡英監測中心華南分中心、珠江流域水環境聯合研究院、粵港澳大灣區水安全聯合創新中心、廣東省重點智庫及粵北生態環境研究院等；擁有大氣環境科學觀測研究站、赤水河水生態環境科學觀測研究站、粵港澳大灣區城市群生態環境科學觀測研究站等多個野外工作臺站。目前正在積極籌劃建設海洋生態安全及生態環境應急等領域的國家環境保護重點實驗室。 

　　“十二五”以來，我所通過改善科研條件專項（原修繕購置專項）、科研項目及自籌經費等多種途徑購置各類儀器設備3000余臺，其中25萬以上300余臺，50-200萬117臺，200萬以上5臺，已經開發了多種介質中溴代阻燃劑、多氯聯苯、全氟化合物等持久性有機污染物的分析方法，具備了多種新污染物的監測能力。目前，擁有超高效液相色譜-四極桿靜電場軌道阱超高分辨質譜儀、高分辨氣相色譜高分辨磁質譜、液相-氣相飛行時間質譜、液相色譜串聯三重四極桿質譜聯用儀、電感耦合等離子體質譜儀、氣相色譜串聯三重四極桿質譜聯用儀、在線離子監測儀、高分辨鎢燈絲掃描電子顯微鏡、水下動態定位淺剖泥沙分析系統、全自動大氣測汞儀、剖面流量測量儀、激光粒度分析儀、實驗室土壤呼吸測定儀等大型精密器設備，以及激光云高儀、大氣濁度儀、氣溶膠激光剖面儀、便攜式地物光譜儀、走航式聲學多普勒海流剖面儀、多任務無人船、漂浮式直測法水體表觀光譜觀測系統、機載高速成像光譜儀及多通道水樣采水器等各類現場環境監測設備，具有完備的環境分析、監測、測試、模擬和數據處理的基礎條件。 

　　華南所擁有1000M高速局域網絡和100M無線網絡，開發了OA辦公系統，實現辦公自動化，及時便捷開展各類審批服務。配備2臺曙光天潮高性能計算機（TC5000）、專業圖形工作站、地理信息系統軟件（GIS）、遙感信息系統及環境模擬系統軟件等，同時，擁有大量的電子地圖、遙感圖像等基礎數據。 

　　黃埔辦公區（東區）

　　天河辦公區（西區）