1. 流域水生態環境保護研究

       開展水生態調查評估，水生態系統過程機理，以及水生態系統恢復與修復技術研究；開展流域水環境精細化治理、成效評估與管理支撐研究；開展復雜水體水生態環境精準模擬和智慧流域決策支持研究；開展飲用水源水質安全系統保護研究；開展流域水環境政策和水生態環境區劃、規劃研究。

　　2. 大氣環境研究 

　  開展南海和粵港澳大灣區大氣污染成因和傳輸機理研究，探索海洋-陸地-大氣環境相互作用過程與機理；開展重點行業污染物和溫室氣體協同控制技術研究；開展大氣污染演變機制與天氣氣候相互作用的觀察與模擬研究，開展PM2.5和臭氧（O3）協同控制研究；開展大氣污染物及溫室氣體排放核算分析及其管控政策研究；開展持久性有機物（POPs）及汞國際履約相關工作。 

　　3. 固廢污染防治與礦山修復研究 

　　面向固體廢物、重金屬和礦山生態環境保護的問題與需求，開展污染物代謝路徑機制與耦合模型、污染成因與控制方法、有價資源綜合利用理論方法研究；研究礦山污染調查評估、源頭防控、治理修復、監測預警等關鍵技術與管理政策；研發固體廢物源頭深度減量、過程高效利用、末端無害處置等減污降碳技術裝備；開展“無廢城市”建設方法體系研究，推動“無廢灣區”建設；開展固體廢物風險識別與精細化管理研究；開展產業生態化理論方法與綠色低碳發展構建技術研究；開展固體廢物、重金屬和礦山環境保護等領域成果轉化應用；推動形成引領國際的固體廢物全過程防控技術鏈條，打造多源固廢、多尺度深度耦合的低碳循環技術體系；構建全國礦山生態修復平臺。

　　4. 土壤與地下水生態環境研究 

　　面向土壤和地下水生態環境保護的問題與需求，開展土壤、地下水污染物環境行為、遷移轉化、生態效應與環境風險形成機制等基礎研究，研發污染調查、風險評估、風險管控與治理修復、預警、溯源等關鍵技術，研發地下水污染物調查、功能區劃、風險防控與治理修復、評估等關鍵技術，開展土壤和地下水風險防控與管理政策研究。

　　5. 農村生態環境研究 

　　開展農村環境問題、政策、標準和污染控制技術研究，流域面源污染發生機理、農村環境綜合整治與農業面源污染防治技術與模式研究；開展農業農村生態環境保護等領域成果轉化應用。 

　　6. 城市生態環境研究 

　　開展城市生態質量評估、生態觀測、監測方法、標準研究和平臺建設；開展城市生態環境過程與調控機理研究；開展氣候變化與城市生態響應的耦合關系及氣候適應性城市生態文明建設研究；開展城市生態空間管控技術和生態安全風險與防控研究；開展生態文明建設制度創新的技術方法與政策體系研究；開展粵港澳大灣區城市群綠色發展和生態環境管理的基礎理論與方法研究。